La temporada 1999-2000 va ser la 61a temporada en actiu del Club Joventut Badalona des que va començar a competir de manera oficial. La Penya va disputar la seva 44a temporada a la màxima categoria del bàsquet espanyol. Va acabar la fase regular en l'onzena posició, lluny de classificar-se per disputar els play-offs pel títol, en una posició similar a l'aconseguida a la temporada anterior. Tampoc no disputa la Copa. Aquesta és la darrera temporada amb la denominació Pinturas Bruguer Badalona.
A la Lliga ACB finalitza la fase regular en l'onzena posició de 18 equips participants, sense aconseguir classificar-se per disputar els play-offs pel títol. En 34 partits disputats de la fase regular va obtenir un bagatge de 16 victòries i 18 derrotes, amb 2.640 punts a favor i 2.650 en contra (-10).[1]
Lliga Catalana
La Lliga Catalana 1999 es va celebrar a Granollers. La Penya va eliminar el Barça 69 a 71 a les semifinals, però no va aconseguir el títol en perdre el partit definitiu amb el TDK Manresa per 81 a 65.[2]